蛋白互作技術蛋白質是生物功能最直接的執行者，雖然一些蛋白質可以獨立的完成他的使命，但是大部分的蛋白都是需要一些伴侶分子的協助一起完成任務或者形成複合物之後才能充分發揮他的功能。所以，了解蛋白質與蛋白質之間的相互作用，能夠幫助我們更好的了解細胞的生命活性，揭示隱藏在表象下的調控機理。經典的蛋白互作研究方法主要包括三個：酵母雙雜交、免疫共沉澱、GST-pull down。
1. 酵母雙雜交技術：主要用來進行互作蛋白的篩選，缺點就是假陽性較高，所以需要進行結果驗證，一般可採用免疫共沉澱或GST-pull down實驗進行驗證。
2. 免疫共沉澱：是以抗體和抗原之間的專一性作用為基礎的用於研究蛋白質相互作用的經典方法。是確定兩種蛋白質在完整細胞內相互作用的有效方法。當細胞在非變性條件下被裂解時，完整細胞內存在的許多蛋白質－蛋白質間的相互作用被保留了下來。當用預先固化在argarose beads上的蛋白質A的抗體免疫沉澱A蛋白，那麼與A蛋白在體內結合的蛋白質B也能一起沉澱下來。再通過蛋白變性分離，對B蛋白進行Western blot檢測，進而證明兩者間的相互作用。
3. GST pull-down實驗：是一個行之有效的驗證酵母雙雜交系統的體外試驗技術。其基本原理是先構建靶蛋白-GST融合蛋白載體，然後進行體外表達及純化。將得到的靶蛋白-GST（Glutathione-S-transferase穀胱苷肽巰基轉移酶）融合蛋白親和固化在穀胱甘肽親和樹脂上，充當一種「誘餌蛋白」，然後將目的蛋白溶液過柱，可從中捕獲與之相互作用的蛋白，將目的蛋白洗脫下來，通過SDS-PAGE電泳及western blot分析證實兩種蛋白間的相互作用。
以上三種方法是比較經典的研究篩選和驗證蛋白互作關係的方法。但是也存在一定局限性。酵母雙雜交可以大規模的篩選未知的互作蛋白，但是假陽性高，免疫共沉澱及pull down只是對已知的蛋白互作關係進行驗證，不能發現新的未知蛋白。
免疫沉澱-質譜聯用IP-MS技術
隨著蛋白質組學技術的發展，將免疫親和與質譜技術結合產生的IP-MS技術則逐漸顯示出他的優勢。原理是以細胞內源性靶蛋白為誘餌，將靶蛋白抗體與細胞總蛋白進行共孵育，促進免疫複合物的形成；隨後加入能夠與抗體結合的protein-A/G（預先結合固化在瓊脂小珠上），形成」結合蛋白-靶蛋白-靶蛋白抗體-proteinA/G小珠」複合物，純化該複合物凝膠電泳分離蛋白，應用質譜分析鑑定靶蛋白的結合蛋白。
免疫共沉澱與質譜結合，不僅能驗證已知蛋白的相互作用，而且還可以鑑定與目標蛋白互作的未知蛋白，為科學研究提供全新的實驗思路。北京百泰派克生物科技有限公司提供蛋白互作，GST pulldown，免疫共沉澱及IP-MS相關服務，歡迎垂詢！
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圖片來源：百泰派克生物【biotech-pack】