《伊斯蘭教邏輯學》中幾個有異議、有爭論的問題，如何看待這些爭論呢？
眾所周知當今世界上的兩大思維體系「唯心論」和「唯物論」，伊斯蘭的認知是屬於哪一個體系的問題，眾說紛紜，我們正統的認知是什麼？
我們一部分學者認為：
伊斯蘭的正統認知是把「唯物論」和「唯心論」都看成是一種人類對客觀世界和客觀存在的認知方法，兩種思維邏輯都是出於人類對宇宙隊客觀世界的認識。它是屬於方法，由於人類歷史和宇宙的歷史的相比，人類的歷史非常短暫。宇宙的存在可能是百萬億年，而人類的生命在世界上最多百歲有餘，「世上少有百歲人」，人很難活到百歲以上。人類用這樣短暫的生命來真正認識宇宙世界的知識，似乎不太可能，人類只能用知識代代傳承的方法，往下傳遞，只能是隨著時間的推移，隨著科學的發展而逐漸增多理性的知識，逐漸接近於認識的真實，符合於客觀存在的實際，不斷的逼近真理。
「唯心論」認為意識決定存在，這種思維有一定的片面性，也只是相對正確的。比如：主觀唯心論者認為：「自己認為有的就應當有」。像這樣的情況就有它的片面性，有它的錯誤的一面。客觀的歷史事實的證明了：即使是科學家作的假設、推論，當時人們認為正確的，是的確存在的，但是事實證明也只有一部分屬於正確的，而更多假設和推論的都隨著時代和科學的發展，隨著人類認識的接近真相而被人們新的認識所代替，人們的認識才接近於真相，接近於真理，而許多自己認為正確的東西，往往被科學的發展和社會的進步所否定，所以主觀唯心論的看法有一定的錯誤性、片面性、相對性。
比如：古人把疾病認為是虛實寒熱、風寒暑熱所致，這些說法在當時看來是很正確的。隨著科學的發展，發明了顯微鏡後才認識到原來疾病是由細菌感染所致，人們就認為細菌是引起疾病的病原體；當科學進一步發展以後，又發明了電子顯微鏡，人們才認識了疾病不只是細菌感染所致還有許多病毒感染所致；因為電子顯微鏡發現了許多的病毒能夠使人生病，人們就又認為疾病的產生的原因就是細菌和病毒。隨著科學的繼續發展，生物化學科學的發展，人們才認識到疾病不只是細菌、病毒所致，還有許多原因所致，如：一些生化方面的疾病，一些過敏性疾病，遺傳性疾病，自身免疫性疾病，DNA缺陷疾病等等，這就證明了人體的疾病不單是細菌和病毒，還有很多其他方面的原因，這就證明了主觀唯心論者的一些判斷是發生了錯誤。
伊斯蘭邏輯學認為「本來當有就應該有」，這就有了超前的認識了。比如：在疾病原因的問題上，當時的科學發展認為是風寒燥熱引起的，那麼按照伊斯蘭的邏輯學，它還有本來當有的病因，就是說除此以外還有其他的原因可以引起疾病。奧秘科學證明了不單是這個原因，還有細菌病毒。是不是就只有這些病了呢？按照「本來當有」的定律，除了細菌病毒之外，由於真主的全能，可能還有其他的原因引起疾病，後來科學發展又證實了，有遺傳性疾病，有生化方面的疾病，還有DNA的缺陷的疾病等等，這就說明伊斯蘭的邏輯學在指導意義上有一定的高度和真理性，把許多東西都給人們一個提醒，讓人們得到提前知道的超前思想的一個邏輯推論。
中國有句古話：「愚人百慮必有一得，智人百慮必有一失。」中國五百多年前的預言家劉伯溫說：「耕田不用牛，點燈不用油。」當時沒有人相信他說的話，現在科學發展以後，就證明他說的是事實。當時，沒有任何現代信息來源和推論假設的依據，也沒有任何其他方面的信息，他怎麼會有這樣超前的預言？對於這個預言應該否定還是應該肯定呢？在《伊斯蘭邏輯學》的「當有和可有」這個規律下，就絕不會否定，而是可以有的。在這件事情上有它的可能性，有當有的可能性。知道了《伊斯蘭邏輯學》裡有這個「本來當有」的規律，就知道在這件事情上存在著當有的可能性，也就絕不會否認劉伯溫所說的。
在「存在決定意識」還是「意識決定存在」的問題上，有人講了一個故事：有一座城市本來沒有立交橋，交通混亂，事故常常發生，一位工程師設計了一座立交橋，後來政府資助，群眾集資建成了這座立交橋，從此人走人行道，馬走馬的道，車走車的道，還有單行道，交通秩序井然，交通事故減少。是否是意識決定了存在？
另一個故事是：有一件事物它本來已經存在，但由於當地的人們當時還沒有認識到它的存在，沒有見過這個東西，所以在這種情況下它就被否定，因為存在決定意識。還沒有這個意識，他就會完全否定認為不存在，否定那件事物的存在。如：有一個山區裡的人，他從來沒有沒聽說、也不知道有電梯和飛機，他就覺得絕對不存在，他就認為人不可能在天上飛，人站著不動就不可能上樓到達樓上。當他到達城市，他見到電梯和飛機，在意識裡有了飛機和電梯，他才認識到人是可以在天上的，人站著不動是可以上下高樓的。他原來的想法就是錯的。
從這些問題上看，就說明了這麼一個問題，按照伊斯蘭教的邏輯推理認識論，是把「唯物論」和「唯心論」都看成是人類的思維體系的兩個方法，只要符合於客觀事實存在，符合於客觀規律，能到達於真理。凡符合客觀存在事物真相和實質，就屬於《伊斯蘭邏輯學》認知論，所以伊斯蘭不是「唯物論」也不是「唯心論」，伊斯蘭的邏輯認知是「唯真理論」。
人類屬於動物嗎？是高等動物嗎？
在邏輯推理裡，凡是有生命的、有新陳代謝的生命體就稱為動物。沒有新陳代謝就是礦物等沒有生命的物質。會動的屬於動物，人會動、有生命、有新陳代謝，是否人也是動物？有的人說我們人類是高等動物，也有的人說我們人是活物，是有生命的東西，但不是動物，而是另外一個單獨的被造物，人是屬於萬物之靈、真主的代理者。因此，在人是否屬於動物的這個問題上，不同的這些觀點就產生了爭論。
關於奧秘，奇蹟的問題。包括：聖驗，感應，賢徵，預言等問題，是否還有其他思維邏輯的東西？是否有其他的因素能夠認知這些問題的？在這個問題上人們也有所爭論。
關於「非物質規律」問題。我們知道有物質規律，在物質規律之外是否還有「非物質規律」？有教門的規律，有符合於客觀存在的物質規律，是否還有不符合客觀規律的「超前思想」的存在？即：是否存在「反物質規律」？即：涉及有形有像和無形無像相對存在的規律問題！對於這些問題，由於人類的知識水平的不同，從而就產生了爭論。
在伊斯蘭教的邏輯學範疇裡，認為這些東西都是肯定的，這些東西將會隨著科學的發展，和人們知識的增加而被證明。因為人類至今對宇宙、對世界物質許多方面還是屬於無知的，事物是否存在的問題，要隨著人類知識的增加科學的發展才能知道，《伊斯蘭邏輯學》認為這些規律都是肯定的，隨著今後人類的科學發展人類的知識增加都會被一一被證明。
概念
概念是邏輯學的基礎，如果概念錯誤，那麼判斷就錯誤，推理就錯誤。只有正確的概念才有正確的判斷，有正確的判斷才有正確的推理，才能使自己的認識符合客觀世界存在的真實性，才能接近和符合真正的真知、真理。
概念是構成判斷、推理的基礎
1、概念是構成思維的最基礎、最基本的第一個要素，形成了正確的概念反映客觀事物的特有屬性才會正確，思維形成方法才會正確，判斷推理才會正確。只有在正確的概念下才能從感性的認識上升到理性認識階段，對事物形成正確、明確、準確、符合於真理的概念之後，認識才會正確，運用這樣正確的認識進行的判斷才會符合於客觀規律。所以，許多認知錯誤是概念錯誤造成。
2、人類的思維形式是從概念到判斷再到推理。對客觀事物的認識，是先把握事物的本質和規律的概念，思維的正確是認知規律完整的前提。概念的錯誤導致對事物的本質、屬性和特徵認知上的錯誤，從而導致思維形式構成的判斷推理也跟著錯誤。
我們把概念稱為「思維的細胞」，健康的器官必須由健康的細胞構成，如果細胞出了問題那麼疾病就會產生，整體就有病。只有具有了正確、準確的概念才能符合客觀事實，符合於客觀存在的事物的本質，才能符合於事物的真相的研究的客觀存在的正確，才能使判斷和推理正確；有了正確的概念，才能正確地進行思維，從而判斷才會恰當，推理才會合乎於邏輯，才能防止由於概念錯誤造成的邏輯混亂和邏輯思維錯誤；有了正確的概念，他的認識才能從表及裡，去偽存真，從感性認識升高到理性認識，才能防止各種各樣的概念錯誤造成的判斷的錯誤。所以，必須使你自己形成明確概念，準確概念，符合於事物本質真相和客觀實際的完整的概念，這樣才能防止由於概念的錯誤導致其他的一系列錯誤。
概念是從單詞上顯現
1、詞及其意義的分類
虛詞，是本身具有意義但不能獨立存在和使用的。如：從、在裡面等詞。它們有位置，有空間，但是不能獨立存在。
動詞，本身具有一定的意義且可以獨立使用，又具有時間性：現在時，過去時，將來時，有完成式和進行式。
名詞，具有指定的內容，與其他名詞有區分的功能，具有其相應的外延和引申，這樣的名詞就稱為「全稱概念名詞」。例如：人類，特徵概念。這個概念就包總了所有的人，不管是哪個人種的，只要是人就屬於這個概念。還有一種名詞稱為「特稱的概念名詞」。如：特指的人名、名稱，如：عبدالله，زيد，سليمة這些名詞是專指的具體的那個人的概念。
詞語裡有的詞語具有實有的指定內容，如果一個詞語沒有具體的指定的內容，他就不能形成概念，所以詞語分為兩種：
（1）本義詞語（實用詞，它有指定的一部分實有的範圍）；
（2）非本義詞語（它是屬於含糊詞，如：若干，多少，許多，少量）。
本義詞語分為兩種：
（1）詞組——表達一個具體的意義。
（2）單詞（分為三種：虛詞，動詞，名詞）
名詞在邏輯學裡又分為兩種：
（1）普通名詞，專指某一物體的名稱，是專指的概念。
（2）特稱名詞，它具有特稱的概念，以通稱指定一個群體的，一系列事物的詞語。
（3）專有名詞，屬於名稱、人名的，個體的名稱等。
「全稱概念詞語」與「特稱概念詞語」可以互相包容，從而形成了邏輯關係。如：人名是指具體的人，「人類」是指所有的人，此時「人」就是主詞，「人」就成為了全稱概念，包括了所有的人在其中。因為所指定的人名和人類兩個特稱詞語就組成了一個句子，這個句子就由人名和人類這兩個特稱概念詞語組成。比如：「哈桑是人類的一員」；「人類中有個叫哈桑的人」。即：「具有人名的人屬於人類一員」和「人類中有個具有人名的人」相互包容，（泛指的人類和特指的個人，都屬於人類的人），這是概念的第一個判斷。
2、「全稱名詞」具有類、種、屬的概念
在任何時候，類大於種，種大於屬，認識了這點就清楚了。
在詞語裡也一樣，凡爾乃和買而凡力的關係就是主謂的關係，在位置上有主賓的關係或者上下位的關係，從而在概念裡就有了輕重緩急。即：判斷是以哪個概念做標準就清楚了，也就是居於謂語的和下位的不能替代主語和上位的部分。比如：真主的尊名和德性屬於主位、上位，任何一個比擬、任何一個借喻只要不符合它都不能拿來代替它、更變它，這就是邏輯判斷的第二個概念。
類、種、屬的區分是正確思維的反映，客觀反映了事物本質和特徵，組成了正確的上下關係，正確的排序關係，概念的思維模式都是具有輕重緩急的地位，所以任何時候不能把類、種、屬顛倒。
人類，人屬於人類，人具有理智（爾蓋裡），爾蓋裡屬於人的一個特性，這三個概念不能顛倒混淆。
「全稱名詞」如果具有全稱的概念，它就是分類、類別的概念。如：表述動物，如：人類，這就是「類」，此時就是以「全稱名詞」而表述。
從表面上看有些是「種」的概念。比如：活物，它有種數的分別，如：動物和植物，這就是全稱名詞關於「種」的概念。如：理性，是以「全稱名詞」所表述，就是「屬」的概念，它是專屬於人類特有的。若屬於人類，就一定有理性，若無理性他就不是人類。按照《伊斯蘭邏輯學》，如果一個人沒有理性就和動物沒有什麼區別，稱為衣冠禽獸。雖然是人的身體，但他的行為等各方面和動物無分別，是一個類別的。這就是在邏輯判斷裡，從語言顯現方面、從思維方面做了輕重緩急、上位下位、主語謂語的一種排列。
凡是以上具有「全稱概念」的詞語，如：泛指動物的是表述活物中的一類，「類」的本質屬性概念就是「普通偶性」；「種」的本質屬性概念就是「特殊偶性」，如：人類所具有的笑，人具有理智，具有理性，這些都屬於人的屬性。
3、全稱概念詞語怎樣來分類
「類」包括了所有不同的若干個實體；人類，不管你是什麼膚色的人種全部包括在裡面，它是一個群體的實體。
「種」包括在實體統一的中間存在的若干子模塊或者其間存在的特性；
「屬」包括在「種」裡面，在「種」裡的若干依存的分子，子模塊。如人類，他具有理智具有理性，能夠言語，這些都屬於人類的屬性問題。
解釋：「類」，比如：動物是活物；「種」，比如：人類屬於活物；「屬」，比如：人類依存的笑、語言、理智。就是說「類」概念包容「種」的概念，「屬」概念是「種」概念的「分種」，「種」有完整的本質是屬於「類」的概念裡面。「類」在概念裡面是個整體，分下來的「種」「數」是屬於下面的分枝、存在、附屬。
人屬於「活物」，人有理性、能言語、會笑、有理智屬於人類具有的特性；具有「類」所有的活物是「種」概念的局部，指人類具有許多內涵，德性特性只屬人類獨有其他物種沒有的，包含若干分子，成分，都包含在人的群體之中。
「類」指：動物活物。概念的局部「種」包括了人和動物，馬，驢，野獸等都包括在活物之中。若認為人是動物，那麼以上活物全歸動物；若認為人是真主特造的一種生物，那麼以上動物全歸活物。
「屬」指：理性的語言裡，是「類」的概念中區分出「種」的概念，「種」的概念裡區分出「屬」，「種」屬於「類」的局部，「屬」是最下位的局部。
普通偶性——凡是活著的動物是具有生命的動物，如能運動是「類」的區分概念，即：動物活物的本質屬性，是有生命還是無生命。如果有生命而能運動就是動物，有生命而不能運動就是植物，它們的區分點就在運動和有生命這兩個要素裡。
「特殊偶性」，是指「種」的方面，如：人類具有的特有屬性，如：笑，理性語言，理智，理性。這是人類專有的，是屬於人類的「屬」範圍。