來自德國慕尼黑感染研究中心（DZIF）與慕尼黑理工大學病毒學研究所研究人員分析了公開全長HBV序列，並獲得全球臨床相關HBV變異頻率。這項研究對B肝病毒感染的基因型和慢性肝病進展做了詳細介紹，並發表在2020年11月23日科學雜誌《Viruses》上。
B肝基因型E–I序列被低估，3種不同突變，幹擾替諾福韋易感性
德國研究人員發現，B肝病毒基因型在試驗資料庫中以不同的序列數表示。基因型A-D的每個基因型都有1004-2700個序列。但是，剩下的基因型（44到312）可用的序列較少。雖然，這在很大程度上反映了全球分布情況，正如此前報導的，基因型E-I序列在我們的資料庫中被低估了！測序分離株中，基因型頻率的差異可能是由於高收入國家和低收入國家的流行率不同造成的。
因為測序，至少在使用現代技術進行測序時，成本很高。然而，可用於某些基因型的相對較少的序列質疑計算頻率的精確度。對此發現已經得到觀察的支持，即在可用序列較少基因型中，許多B肝病毒突變根本沒有被發現。因此，在這些少數基因型中，低頻突變可能被忽視。這對於分析HBV變異的區域分布更為重要，因為在某些區域，相對較少的序列（20到2811）是可以使用的。
另一個需要考慮的重要因素是，大多數序列可能通過從慢性B肝患者血清中，提取的核酸的經典Sanger測序來確定的。這種方法的敏感性是有限的，在可靠檢測到的B肝病毒群中，只有變異出現的頻率大於20%。決定哪些突變位於同一個病毒基因組上，使用傳統上讀取時間更短的下一代技術要困難得多。下一代測序（NGS）技術的最新進展是，利用了更長的讀取時間和重疊序列，使得在同一病毒基因組上的突變的識別具有很高可信度。
NGS技術能夠實現較高的序列深度，很容易檢測到病毒群體中的低頻變異。然而，德國研究人員介紹，我們需要仔細評估這些罕見人群的臨床相關性，這些人群可能只是高精度測序技術的產物。產生偏差的另一個可能原因是，在驗證眼睛腫所包含的序列質量方面存在困難。雖然，序列質量的信息在大多數情況下是不可用的，但德國研究人員試圖通過排除資料庫條目來解釋這一點。
但是，在採樣、排序或資料庫輸入過程中，還不能排除其他可能的偏差。因此，基於低頻突變的結論不應該被過度解釋。在分析B肝表面抗原突變體頻率時，發現這些突變的總體頻率相對較低，任何基因型都沒有顯著的富集。唯一例外是127位突變，這些突變與隱性B肝病毒感染有關，似乎是基因型E、F和H的野生型。重要的是，B肝表面抗原的127位胺基酸也是HBV血清型的決定因素之一，在ayw4和adw4血清型。
對核苷類似物（NA）耐藥突變，發現M204V/I和L180M表現出研究為止最高頻率，這與它們介導對目前用於B肝治療的大多數NA包括拉米夫定耐藥性。與這些突變相關的相對較低的抗藥性屏障，可能導致相對較高的發病率，尤其是在抗病毒治療廣泛地區。研究人員發現，在3種不同突變被描述為幹擾替諾福韋易感性，然而從慢性B肝患者分離的病毒中只發現了其中1種（A194T），而另外2種是在體外產生的（P177G和F249A）。
雖然能夠在不同基因型的幾個序列中發現A194T突變，但在本研究中的7000多個序列中，沒有發現P177G和F249A突變。因此，它們不太可能構成臨床相關的變異，德國研究人員推測，這些突變造成的B肝病毒適應度損失超過了替諾福韋耐藥性的優勢。更有趣的觀察是關於BCP/前核心區，幾乎所有B肝病毒基因型G序列都包括幾個突變（C1653、T1753C、A1762T、G1764A和G1896A），這些突變與e抗原陰性、增強爆發性肝炎和或肝細胞癌風險有關。
雖然基因型G缺乏e抗原表達得到了很好描述，但肝細胞癌和爆發性肝炎風險，並沒有那麼明顯聯繫，而且可能很難闡明。因為基因型G多見於基因型A的合併感染。綜合來看，德國研究人員認為，未來的這個方向研究應調查這些突變頻率的真實性，以及是否增加爆發性肝炎或肝癌風險（2020年11月23日 科學雜誌《Viruses》 通過分析公開的測序數據發現臨床相關B型肝炎病毒變異的全球發生率）。