關於真菌基因組分析

2021-02-15 生信人

1:關於真菌基因組次級代謝分析

可以使用SMURF和AntiSMASH，基因組注釋使用MAKER，基因與測使用AUGUSTUS並基於Aspergillus oryzae物種的訓練結果。拼接使用的是VelvetOptimizer，基因功能注釋使用的是interproscan.測序深度27x,N50 為48,518。1,231 contigs。基因組大小為：31,415,732bp。GC含量：48.24% 使用tRNAscan-SE與測tRNA.

2014-Draft Genome Sequence of Penicilliumexpansum Strain R19, Which Causes Postharvest Decay of Apple Fruit

2:關於真菌基因組的分析

在已知近源物種的基礎上，可以分析結構變異

（例如染色體重排等）

2014-Complete Sequencing andChromosome-Scale Genome Assembly of the Industrial Progenitor Strain P2niaD18from the Penicillin Producer Penicillium chrysogenum


3:在真菌基因預測

本文分別使用了Fgenesh（Penicilliumfuniculosum 訓練）與GeneMark- ES（基於自身訓練），基於預測是在大於1Kb的且經過masker重複序列的基礎上進行的將兩者結果整合。關於功能注釋內容包括：nr\interproscan\Swiss-Prot/UniProtKB\GO\kegg(KAAS )

2014-Genome sequencing of high-penicillin producingindustrial strain of Penicillium chrysogenum


4:這篇文章裡關注了水平基因轉移

組裝完基因預測先是使用GeneMark and TWINSCAN分別與測然後再合併，再合併genewise的結果（Genomic sequences with 90% identity that spanned more than 80% of aprotein were ex- tended 500 bp up and downstream and passed to Gene-Wise topredict gene models. ）假定基因的功能注釋使用blast2go.假定蛋白的功能域和GO分析可以使用 Agbase

2014-Genome sequencing and analysis of thepaclitaxel-producing endophytic fungus Penicillium aurantiogriseum NRRL 62431


5:細胞色素P450

（cytochromeP450或CYP450,簡稱CYP450）為一類亞鐵血紅素—硫醇鹽蛋白的超家族，它參與內源性物質和包括藥物、環境化合物在內的外源性物質的代謝.網址：http://drnelson.uthsc.edu/P450seqs.dbs.html。使用blastp(e<10-5).(A physical CYP gene cluster was de ned as threeor more CYPs present within a 100-kb sliding window of the genomic sequence orfewer than 10 genes between CYPs a er they had been sorted into groups alongthe chromosomes. If two adjacent clusters overlapped, they were merged to formone larger cluster)

2012-Genome sequence of the model medicinalmushroom Ganoderma lucid

http://drnelson.uthsc.edu/cytochromeP450.html


6:真菌基因組的大小範圍

In fungi, the diversity of genomes varies from 8.97 Mb to 177.57 Mb.

Mohanta T K, Bae H. The diversity of fungalgenome[J]. Biological procedures online, 2015, 17(1)


原文地址：http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102vx0h.html

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