科學家揭示基因表達變化的動力學

2020-12-05 科學網

科學家揭示基因表達變化的動力學

作者：

小柯機器人

發布時間：2019/11/19 11:29:19

德國馬克斯-普朗克免疫生物學與表觀遺傳學研究所Dominic Grün課題組，在細胞空間狀態下揭示基因表達變化的動力學。該研究成果2019年11月18在線發表在《自然—方法學》上。


研究人員介紹了VarID計算方法。這種方法可以識別細胞狀態空間中局部均質鄰域，從而可以量化基因表達過程中的局部變化。VarID描繪了差異基因表達的變異性鄰域，並揭示了差異化過程中基因表達變化的偽時間動態。

據介紹，在單細胞轉錄組水平量化低表達的譜系決定因子對於揭示細胞狀態轉變是至關重要的，這需要敏感的計算方法測量低表達基因的變化。

附：英文原文

Title: Revealing dynamics of gene expression variability in cell state space

Author: Dominic Grn

Issue&Volume: 2019-11-18

Abstract: To decipher cell state transitions from single-cell transcriptomes it is crucial to quantify weak expression of lineage-determining factors, which requires computational methods that are sensitive to the variability of weakly expressed genes. Here, I introduce VarID, a computational method that identifies locally homogenous neighborhoods in cell state space, permitting the quantification of local variability in gene expression. VarID delineates neighborhoods with differential gene expression variability and reveals pseudo-temporal dynamics of variability during differentiation.

DOI: 10.1038/s41592-019-0632-3

Source: https://www.nature.com/articles/s41592-019-0632-3

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