1859年，達爾文一生中最光輝的年代。《物種起源》一書出版的這一天，不僅對達爾文具有重要的意義，這一天，也是19世紀大批有知識'的人生物學觀點及人在生物界中地位觀點開始轉變的一天。這種轉變就像哥白尼在16世紀指出地球在宇宙中的位置而發生的轉變一樣。然而，在人們的思想轉變之前，為捍衛達爾文這一進化論學說曾不得不進行了10年尖銳的鬥爭。《物種起源》剛一問世，就像一顆炸彈一樣，在人們心中開了花，它首先轟擊了人們的傳統觀念，轟擊了宗教迷信。它用極其豐富的材料，確鑿的證據，證明了生物世界不是由上帝創造的，而是由少數古代祖先的直系後代創造的生物是在自然選擇的作用下，由低級到高級，由簡單到複雜地發展的。生物進化論對宗教迷信是個極大的打擊，大大開拓了人們的認識領域和知識結構，極大地影響了人類認識的發展。
對那些宣揚上帝創世說的封建教士們來說，這是一個致命的理論，他們感到了達爾文理論的威脅，便結成了同盟，向達爾文進行口誅筆伐，惡毒攻擊。這些攻擊有些來自宗教界，有些來自科學界，信件如雪片般向達爾文飛來。對於大多數的批評，達爾文早有心理準備，所以心裡也並不以為意，他總是對那些粗暴的謾罵付之不屑一顧的一笑。然而，有許多來自老朋友的批評卻使他十分難過。他一向敬重的亨斯羅教授來信說他只能接受達爾文很小一部分的觀點，委婉地傳達出他根本不同意達爾文的觀點。幸好他並沒有對他有惡劣的言詞，就像他以前的地質學老師塞治威克教授做的一樣。塞治威克教授對他的批評語言尖刻，令人無法容忍，他的語氣間充滿了憤恨、嫉妒、諷刺。他寫道：「我讀完該書痛快多於愉快，我認為你的理論是一場惡作劇，提倡這一理論的人都有腐敗的理解力。」
並且他狂怒地寫道：「從前我不相信宗教裁判者會是一個好人，可是現在我知道了，一個人可以用火燒另一個人，同時又可以有一顆像塞治威克那種又慈善又高貴的心。」他署名是：「從前是你的朋友，現在是猴子的兒子的塞治威克。」達爾文忍不住痛苦地嘆息：「腐敗的理解力，可憐的老塞治威克啊！」一股悲戚的神色籠罩在他的臉上。愛瑪安慰他說：「不要傷心，查理，這裡還有萊伊爾和虎克的來信呢。」達爾文說：「快把他們的信念給我聽！我一向把他們當作是有資格的裁判者。萊伊爾更是我的裁判長。」虎克的信旗幟鮮明，立場堅定地支持達爾文的進化論：「這本書對於奇異事實和新鮮現象的分析是多麼豐富啊！這無疑是一部成功的偉大著作，如果把我的不成功的論文放在這本書旁邊，它就像英國皇家旗幟旁的一塊爛手巾。」
並且他狂怒地寫道：「從前我不相信宗教裁判者會是一個好人，可是現在我知道了，一個人可以用火燒另一個人，同時又可以有一顆像塞治威克那種又慈善又高貴的心。」他署名是：「從前是你的朋友，現在是猴子的兒子的塞治威克。」達爾文忍不住痛苦地嘆息：「腐敗的理解力，可憐的老塞治威克啊！」一股悲戚的神色籠罩在他的臉上。愛瑪安慰他說：「不要傷心，查理，這裡還有萊伊爾和虎克的來信呢。」達爾文說：「快把他們的信念給我聽！我一向把他們當作是有資格的裁判者。萊伊爾更是我的裁判長。」虎克的信旗幟鮮明，立場堅定地支持達爾文的進化論：「這本書對於奇異事實和新鮮現象的分析是多麼豐富啊！這無疑是一部成功的偉大著作，如果把我的不成功的論文放在這本書旁邊，它就像英國皇家旗幟旁的一塊爛手巾。」達爾文聽了虎克的話忍不住笑了起來：「萊伊爾怎麼說，愛瑪。」
然而，萊伊爾的信讓達爾文失望了，因為他無法放棄自己原有的信仰，故而態度十分曖昧，並且他對書中關於人是從動物演化而來的思想十分震驚，他在信中說他不願意公開為達爾文辯護。失去了萊伊爾的支持，是一個很大的損失。萊伊爾在英國學術界的權威地位使他的話極具份量。更重要的是，失去了一個朋友的贊同，使達爾文感到茫然若失，他自言自語地說：「我要說服你，萊伊爾，我要你站到真理這邊來，我一定要說服你。」達爾文不顧病弱的身體，坐車趕到倫敦萊伊爾家裡。正好萊伊爾和虎克在客廳裡討論問題，他們一見達爾文，都十分驚訝地問：「你不在家養病，跑到這裡來幹什麼？」「有比養病更重要的事，我的萊伊爾。」達爾文未及坐好便說。「萊伊爾，無論多少人的辱罵我都不在乎，只要有你一句贊同，可是，你這個我心中認定的裁判長，對我的理論如此的冷漠，這讓我難以忍受，我希望你能站到我這邊來，站到真理這邊求」。
「你先不要著急，查理，我和萊伊爾正在談這個問題，他的信仰改變也不是一天兩天的事，在現在這種情況下，他已經盡了最大努力了。」虎克說。「我相信，隨著時間的推移，會有越來越多的人接受進化論的。」事實上，對進化論接受的困難主要是關於人的起源問題。人們很難接受人是來源於猿猴這一說法。在哥白尼時代，要人們放棄地球是宇宙的中心是很困難的。同樣，在達爾文的時代，要人們完全放棄人在生物界特殊的地位，也是非常困難的。人們心中帶有一種屈辱感，使他們感到屈辱的是，人不是通過奇蹟來到地球上，而是來自猿或是和猿同一個祖先。即使那些認為達爾文是偉大的科學家的學者當中，也有人流露出這種感情。發表在報刊上的書評也都集中在人的起源問題上。神學家也發表意見，攻擊達爾文說：「應該把這本書的作者交給聖學院，大學院，教室和博物院去擺布才是。」
最初，反對的聲音總是佔了上風的。然而達爾文為人一向溫和，常常是對自己的對手也十分彬彬有禮，雖然他處身於圍攻的風暴之中，也是如此。同時，由於他的著作的無形的力量，也使許多人的偏見得到衝擊，許多動搖分子也被說服了，在越來越多的無私追尋真理的人中間，找到了信仰者和朋友。在讀者中也出現了一批全部接受達爾文理論的狂熱崇拜者。植物學家華生，在著作出版不久後，便寫信給達爾文說：「您的主導思想，即『自然選擇』的思想，一定會被當作科學上的確定真理而被人們接受的。它具有一切偉大的自然科學真理所具有的特徵，變模糊為清晰，化複雜為簡單，並且在舊有的知識上增添了新的東西。您是本世紀，甚至是一切世紀的博物學中最偉大的革命者。」
除此之外，還有一部分人，對達爾文的基本理論歡欣鼓舞，十分贊同，但他們認為，在某些不重要的細節上還具有缺點。針對不同的問題，他們提出了不同的解釋。但是，他們的解釋已經在很大程度上偏離了達爾文的思想。就像達爾文自己說的那樣：「有趣的是，每個人都說出一個意思，可是按照這個意思已經不再同意我的理論了。」有些有聲望的學者，對達爾文著作的嚴謹性，對他的真誠的態度給予了肯定，但指責他理論的方法本身存在著問題，許多原理並不是從觀察和實驗中直接得出的等。達爾文說：「當雷和閃電的發生第一次被證明是連續發生的原因時，那時若說閃電不是上帝親手製造的，人們同樣是無法忍受的。」在這些雜亂無章的各種各樣意見和流派中不可能不發生爭論，達爾文主義必須為自己爭得地位，它必須首先要克服因循守舊的習慣，一場捍衛達爾文主義的鬥爭開始了。
在這場鬥爭中，達爾文許多朋友發揮了很大的作用，而其中託馬斯、赫胥黎則是其中的主將，他被達爾文稱作：「我的總代理人。」赫胥黎是英國生物學家，古生物學者，他和達爾文一樣，也是從一艘軍艦上開始他的博物學家事業的。他曾以海軍助理軍醫的身份在《雷捷利斯涅克》號上參加了四年考察工作。他曾獲得倫敦皇家學會的獎章。他是一個優秀的科學普及工作者，他經常給工人公開講課，因此，他練就了一種簡明扼要講述問題的本領，他有著雄辯的口才和對問題的清晰敘述的能力。在他早期的研究中，赫胥黎對物種起源問題採取觀望態度，是一種積極的懷疑主義的態度。一方面，他不相信聖經創世論，不相信超自然的力量幹預自然界的進程；另一方面，流行的拉馬克的進化論也由於證據不足而不能使他信服。
達爾文與他相識不久，但很快就建立了親密的關係，因為，達爾文認為赫胥黎對自然史方面提出的每一個新思想都能做出積極反應。所以，《物種起源》出版後，達爾文非常重視赫胥黎的意見。赫胥黎在第一次讀完《物種起源》後給達爾文寫信說：「自從九年前我讀了貝爾的論文之後，博物學著作沒有一本給我留下這樣深刻的印象。我衷心地感謝你給了我大量的新觀點，我認為，這本書的格調是再好也沒有了，它可以感動甚至那些對這個問題一無所知的人們。我準備赴湯滔火也要支持您的理論……如果我沒弄錯的話，有人將對您進行辱罵，或者歪曲您的思想，我希望您不要為此苦惱或惶惑不安。您可以相信，您已經博得了一切敢於自由思想的人對您永遠的感激。至於那些惡犬要吠，要吼叫的話，您應知道，您的一些朋友無論如何還是有一定戰鬥能力的，這種戰鬥能力對您或許還是有用的，我正在磨利我的爪和牙，在等著他們呢！