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進化論是當代生物學的基石，進化論的成立是通過大量的實驗數據和生物研究得出的，而「用進廢退」則僅僅停留在假說的層面，二者從本質上說確實有矛盾的地方。那麼，為什麼科學上一直支持進化論，卻說「用進廢退」的假說不成立呢？我們簡單地來探討一下這個問題。
首先，我們簡單來了解一下「用進廢退說」
用進廢退是拉馬克進化學說中的一個組成部分，它是由法國生物學家拉馬克於1809年在《動物學哲學》中提出的一個理論。他認為：生物經常使用的器官會變得發達，而不經常食用的器官會逐漸的退化，而且他認為用進廢退是可以遺傳的。
這個理論乍一看沒有什麼問題，畢竟運動員的肌肉確實比正常人要發達。但是，如果仔細的推敲一下，我們就能發現其中的漏洞。首先是「用進」的遺傳，我們以人類為例，如果兩個足球運動員男女結合，按照用進的理論，他們的後代應該是能夠獲得足球方面的天賦的，比如更強的耐力、奔跑能力、爆發力。但事實上，足球運動員的後代可能也當不了足球運動員。
其次，我們再來看看廢退。我們再舉個自然界的例子，大熊貓是從始熊貓進化而來的，在漫長的進化中，大熊貓的食性逐漸由食肉變為食素（竹子），按理說，吃粗纖維的植物，臼齒應該如食草動物那樣發達，而且消化道也應該像其他食草動物那樣，並且不用來捕獵的犬齒應該退化掉，但事實上，大熊貓的牙齒結構以及消化道與其他的熊科動物並沒有差異。
而且按照用進廢退的說法，如果將一種動物的某個器官去除掉，而且還是多代去除，它們的這個器官就等於被「廢掉」了，按理說應該是退化的。但是，德國科學家魏斯曼做了一個老鼠去尾的實驗，他將一對雌雄老鼠的尾巴剪掉後讓它們正常的繁殖，它們的後代還是有尾巴，而且魏斯曼並不是只剪掉了一代老鼠的尾巴，而是連續對這對雌雄老鼠的21代後代全部剪去了尾巴，但是第22代老鼠依然是有尾巴的。
並且分子遺傳學的研究也表明，物種的器官使用或者不適用，都不會作為編碼寫入染色體中，而後代的產生就是染色體的結合。因此，種種跡象表面，用進廢退說確實存在一些漏洞，而正是這些漏洞，讓用進廢退說在科學界為人詬病。
進化論
進化論也就是達爾文發表的《物種起源》，該著作被認為是當代生物學的核心思想。許多人對進化論持懷疑態度，這其實是一件好事，畢竟科學就是在不斷的推翻和重建的過程中進步的。而許多人對進化論持懷疑態度的主要原因就是把「進化」二字固化了，簡單的說許多人認為進化就是物種越來越高級。其實，這是一個錯誤的認知，因為進化論其實是演化論，達爾文認為：生物的變化只是為了更好地適應環境，不存在進步或者倒退的概念。
進化論要表達的中心思想是：物種是可以改變的，而促使物種改變的是自然選擇。從目前生物的演化過程看，自然選擇確實是唯一一種可以解釋物種適應性理論。我們舉幾個例子，老虎是現存食物鏈最頂端的食肉動物之一，而且現代老虎算上已經滅絕的，一共有9個亞種，它們的分布不同，體型大小也有差異，但是有一個共同的特點那就是身上都有斑紋，而且即便是白化的老虎，身上的斑紋也不會消失。這就是自然選擇的定向選擇，這證明有斑紋的老虎在原生環境中更容易生存（與環境色更為接近，更有利於自己的偷襲捕獵）。
再比如達爾文在加拉巴格群島上發現了13個雀鳥物種，它們均為近親，但是為了減少競爭，不同的雀鳥的喙長度發生了改變，這是為了更好地適應不同的食物而產生的變化，從而讓自己的族群更容易生存下來。
還有在自然界中，原本完全不同的兩個物種會有相似的特徵，這也是自然選擇的主要表現之一。比如海豚是哺乳動物，但是為了更好地在海洋中生活，它的形態與陸地哺乳動物迥異，反而與毫無關係的魚類非常相似，這就是趨同演化的結果，目的同樣是為了更好的生存。
而這一切的一切，看似是動物自身做出的改變，但實際上是自然對某一性狀的動物做出的選擇。而性狀的優劣勢完全取決於當下的環境，比如在冰河時代，擁有長毛的動物顯然生活得更好，但是一旦冰河結束，氣溫升高，這種原本「優」的性狀就會變成「劣」。
因此，進化論的自然選擇是有很強科學性的，它能夠解釋生物適應環境的機制。
當然，不得不承認，進化論也是有一定的漏洞的，因為進化論下的生物演化需要一個非常長的過程，期間一個物種不會憑空出現，也不會突然發生巨大的改變。但是，這無法解釋寒武紀生命大爆發、同時，按照進化論，任何的物種都是有祖先，並且有演化史的，那麼這個物種的各個階段的化石是最有說服力。但事實上，有許多的生物缺少過渡性的化石。
不過，進化論早在19世紀就發表了，隨著科學的進步，許多所謂的漏洞都已經有了解釋，比如遺傳漂變、分子進化等等，都能填補當時進化論的一些漏洞和空白。但是，我們不可否認的是進化論的基石作用。
總結
進化論和用進廢退說的本質區別在於進化論有著大量的科學驗證作為基礎，而用進廢退說還僅僅停留在想像的層面上，確實科學數據支撐。而且從本質上看，用進廢退說與進化論確實是矛盾的，它們的主要矛盾點在於前者是生物自主的選擇，而後者是自然的選擇。