形上學所討論的最基本問題為：什麼才是世界的最終實在？對於這樣的問題的回答，大致能夠分為三種立場：唯物論、唯心論以及二元論。唯物論者主張所有的一切都是由物質所構成，相反地唯心論者認為心靈與精神才是最真實的存在，而二元論者則認為心與物是最基本的兩種元素，任何一個並無法化約成另外一個的組成。本文主要探討唯物論的幾個問題。
（1）所有一切由物質構成
唯物論者主張所有的一切都是由「物質」所組成，從科學上說宇宙中所有的一切事物都能化約為粒子之間的碰撞。（哲學上的物質有著更廣義的說法，除了化學物理上的物質概念還有時空、能量）
然而如果問：但是對於思想、心智、靈魂等的概念該如何解釋，我們似乎無法很直觀的單以物質來解釋？唯物論者認為，我們所擁有的知覺、情緒、思想都只不過是由粒子碰撞以及大腦的神經傳導所觸發的，因此心智、思考的行為只是所謂的附帶現象，皆能化約成物理性的定律。而且，我們知道吸毒之後，由於一連串的化學以及神經反應，吸毒者會產生幻覺，難道我們平常的知覺沒有可能只是被觸發的，而並不是真實的？
（2）人是否有「自由意志」？
甚至，若心智、思考的行為只是所謂的附帶現象，那麼是不是代表著人並沒有「自由意志」？舉例來說：我今天該吃蘋果還是橘子好呢？在斟酌考慮之後，我決定要吃蘋果。在這樣的例子裡，我似乎是有自由做決定的意志，然而以唯物論者的觀點，我的選擇仍然受制於物理的定律。反唯物論者質疑：人類有自律的行為，也就是我們能夠控制自己的行為，因此我們具有心智、思考的能力。不過我們可以發現，反唯物論者已先預設有心靈的存在了，才有這樣的推論，因此並不合乎邏輯。
關於人的自由以及決定論的問題，經常會跟價值論、倫理扯在一起，如果人是天生已經被基因決定的生物，那麼小偷也是被決定要做這樣的行為，我們應該要處罰他嗎?正如很多人不能理解為什麼精神病患者不用承擔刑事責任。如果人的所作所為都已經被決定了，那麼我們為什麼要哲學化呢?這類的問題還有很大的探討餘地。
（3）宇宙有沒有目的和規則？
另外，有的唯物論者們也主張：這個宇宙是沒有目的和規則的，因為宇宙的一切都只不過是粒子的振動，還會有什麼目的嗎？但也有人質疑這些唯物論者：難道你們現在所在歸納、推理世界的真理這樣的行為並沒有任何目的嗎？
談到這裡，也有物理學者提到：不論是光的折射或是物體的運動行為，最後我們都能夠以費馬原理——所有的軌跡都會以最省時間的路徑（或直線）來進行。所以或許這就是宇宙的目的。然而這並不像是一種目的，反而是萬物遵循的一種規則。
（4）唯物論者怎麼過日子的？
而且，如果繼續問：如果這些唯物論者認為這一切歸結到最後只是物質，那麼他們的日常生活到底是怎麼過的？有人舉了個不恰當的例子：象是家裡東西被偷了，按照情理，我們應該會去報警處理。但若是以這派唯物論者的觀點，我們根本不需要去報警，因為這一切只不過是粒子碰撞的結果，並不帶有任何目的，對於一個物質你要跟它計較什麼？最後我們歸結：或許，唯物論的解釋只能在行而上學適用吧？否則日常生活怎麼過？同樣，今天科學界的基因研究成果也有點趨向「先天決定論（宿命論）」的方向，即人的智力、疾病、行為等等都和先天的基因有很大關係。
對於這種爭論，大致有兩個意見：第一，若是以唯物論者的觀點，就連我們是否要去報警這件事應該也不需要討論，因為就連我們所做的決定也只是粒子碰撞的結果，因此對於他們的日常生活也並無矛盾。第二，我們所有推論的起點皆是由自身的生命、生活出發，若是最後所得到的結論只能停留在理論層面，而不能夠回歸到每個個體的生命，那還有什麼價值？甚至這個理論會是錯的。
（5）對於鬼神的看法？
有人問到一個理科生：「你本身是讀理科的，對於鬼神、靈魂會有什麼看法？」睿智的理科生可能會回答：「以科學的觀點，我會說不關我的事。」（這麼說同時包含了兩個層面：第一，這類問題並不屬於科學的領域。第二，科學與信仰宗教是兩回事，也可以同時存在）。
有不少人認為：「科學是包含萬象的，例如物理，乃是宇宙運行的規則，怎能夠說不關科學的事呢？」不過這已經是提前預設有鬼神的存在，才有這樣「先入為主」的問題。卡爾·波普爾（Karl Raimund Popper）曾經在其著作《猜想與反駁》提出了對科學和非科學劃分的時候該如何證偽的原則。非科學的本質不在於他的正確與否，而是在於它的不可證偽的特性。同樣也是數學和邏輯學便被劃分為非科學的原因。
波普爾人們的意識是否只是電流通過大腦產生的反應，就象是電子計算機一樣? 這既是哲學問題，又是科學問題。
唯物論形上學學者認為，所有的物體、物質在這宇宙都是真實存在的。當代唯物論者傾向於包含上述以及能量、時間空間的連續性為真實基本的分類。更偏激的唯物論者認為人的思維不過是複雜的物理化學反應過程，他們秉持著心以及思想只是大腦的物理化學的反應活動。這種更嚴苛的唯物論者可以說是簡化論者，或是機械論者。畢竟藥物對人精神的影響給了唯物論者一個佐證。思考只是大腦的副現象，就象是煙之於火，宇宙的運行幾乎沒有任何意義。宿命論（先天決定論）和自由意志論是互相衝突的。只要人有自由意志，這個世界的變動就會極度複雜，宿命論（先天決定論）的存在似乎會變成根本不可能的事。