我國海洋經濟在發展過程中，主要存在5個問題，包括海洋資源退化、海洋生態環境惡化、海洋權益形勢嚴峻、海洋科技創新和成果轉化能力不足、海洋產業布局缺乏系統性。它們是中長期內製約我國海洋經濟可持續發展的主要障礙。
海洋資源是海洋經濟可持續發展的基礎保障。長期以來由於片面追求經濟利益，部分海洋由於過度開發造成了資源衰退，使得海洋經濟可持續發展的物質基礎遭到破壞。我國海洋資源衰退主要表現在海洋生物資源、海洋空間資源方面。其中，海洋漁業資源退化問題最突出，主要原因在於海洋漁業資源過度捕撈、海洋環境汙染、海洋災害、海洋漁業管理體制不完善、海洋工程對生態環境破壞等。沿海地區的不合理開發活動，會造成海岸和海域空間資源的浪費、破壞甚至喪失，譬如圍填海造成濱海溼地面積大大縮減。據統計，2012年我國濱海溼地面積為594萬公頃，比2000年減少近100萬公頃。與濱海溼地面積減少同樣嚴峻的是海洋空間資源開發的廣度和深度不足造成的浪費。我國海水和海洋資源開發程度和水平仍很低。
海洋生態環境惡化是海洋經濟可持續發展的制約和障礙。2014年，我國全海域劣於第四類海水水質標準的海域面積約為15萬平方公裡。海洋水體的汙染破壞了海洋生物的生存環境，使得海產品產量和質量大幅下降，直接影響海洋漁業的發展。海洋水體汙染損害岸線資源，而且對濱海旅遊業的發展產生重大影響。頻繁發生的海洋災害造成財產損失和人員傷亡，已成為制約我國海洋經濟持續穩定發展的重要因素。海洋災害往往造成沿海地區公路、通信、水利基礎設施、海洋工程以及海上航行的重大損失，同時對海洋漁業發展具有嚴重威脅。海洋災害中風暴潮造成的損失最為嚴重。
海洋權益形勢的日益嚴峻阻礙海洋經濟可持續發展的空間和領域。管轄海域是海洋經濟可持續發展的物質載體。目前，我國部分沿海區域與周邊國家存在複雜的海洋權益爭議，如海域劃界紛爭、島礁被侵佔等對我國海洋開發活動造成了重大影響。
當前，我國海洋科技創新和成果轉化能力仍不足。2012年我國海洋科技進步貢獻率為58%，與發達國家70%的貢獻率相距甚遠，支撐海洋經濟發展的能力遠不能滿足需要。目前，我國海洋科技部分重點領域的創新進展仍較為緩慢，如海洋觀測設備儀器製造技術的自主創新、海洋生物資源開發技術以及海洋能源的開採技術等。與歐美等國相比，一些領域特別是深海資源勘探和環境觀測方面，我國技術裝備仍然比較落後，海洋儀器依賴進口的局面仍未得到根本性改變，關鍵領域缺乏自主智慧財產權的核心技術。海洋領域的領軍人才、拔尖人才十分匱乏，尤其在關鍵領域、前沿領域海洋高端人才嚴重不足，科學研究水平亟待提高。
海洋產業布局缺乏系統性導致用海行業衝突加劇及海域資源利用效率較低。表現在3個方面。一是不同行業用海矛盾突出。沿海地區不同行業在分配使用岸線、灘涂和淺海方面的矛盾一直存在。二是海洋資源過度開發與開發不足並存。以油氣資源開發為例，近10年我國新增石油產量50%以上來自海洋，且絕大部分來自近海海域，而深遠海油氣資源勘探開發剛剛起步。三是海洋產業結構雷同，開發布局不夠合理。以山東省為例，山東沿海地區已建成10餘處省級以上濱海旅遊度假區，由於所依託的濱海旅遊資源類似，濱海旅遊產品雷同，導致旅遊企業惡性競爭。（作者為國家海洋局海洋發展戰略研究所研究員）