超全面核心基因3+預後思路

基於基因家族的生信發文思路

本次分享一下基因家族的生信發文思路，文章發表在Cancer Medicine上，影響因子：3.491，中科院分區：三區。作者分析了exostosin蛋白家族的兩個基因：EXT1和EXT2 ，主要進行表達水平的差異分析、功能分析、預後分析，最後發現只有EXT1可以成為具有預後價值的biomaker。

一個低調奢華有內涵的單基因分析思路

許久沒有推出單基因分析思路了，很多粉絲常常會問到特定的單基因可以做什麼思路，根據小編的經驗來看單基因的思路是比較少的，很多都是發現調控軸然後做實驗驗證就完活了。因為研究的單一，能做的生信分析真的是很少很少，是真的不好分析，許多時候小編也是對此黔驢技窮，但是單基因分析接收率是真的高，因為專一嘛。今天的思路還挺別出心裁的，根據研究單個基因的互作基因來展開分析，小凳子搬好，開講了。

從基因層面治療癲癇可提高患者預後

隨著醫學技術的發展，越來越多基因被發現與癲癇相關，從基因層面對癲癇進行檢測和治療成為臨床上的重要手段。廣州醫科大學神經科學研究所所長廖衛平教授指出，基因檢測可以明確癲癇綜合症的診斷，在臨床中癲癇性腦病患者，應及早進行基因檢測。

猶豫就會敗北:簡單思路如何正確把握

其實不然，今年六月份有研究人員分析了ITGA和ITGB家族在卵巢癌中的預後價值（IF:4.175），然而今天這篇文章的作者在十月份的時候發表了類似的研究成果。相比之下，作者只在胰腺癌中探索了ITGB的預後價值，研究的基因集少了，雜誌水平卻高了不少。如果你還在擔心自己的研究和別人只差了疾病類型，今天的文章值得你一看。

藥代動力學預後分析

研究表明ADME基因在腫瘤中的表達特徵會影響癌症患者的生存，但是它還沒有被充分研究。在本文中，作者對TCGA的全癌數據集的全面分析揭示了21種不同癌症類型中ADME基因的不同瘤內表達譜。大多數基因在癌症特定患者隊列中也顯示出較高的個體間變異性。利用Kaplan-Meier圖和logrank檢驗，作者發現32個核心ADME基因中有20個的腫瘤內表達水平與這些癌症的總生存率（OS）相關。

伴有複雜核型的多發性骨髓瘤——預後是好還是差?

2013年，國際骨髓瘤工作組和美國梅奧醫學中心推薦基於細胞分子生物學結合傳統的生化指標對MM患者的預後進行綜合考慮，依據mSMART3.0分期系統進行細胞遺傳學危險分層：高危組定義為：合併t(4;14）、t(14;16）、t(14;20）、1q21擴增、17p缺失/突變、P53突變，R-ISS III期，S期漿細胞比例高（血），基因表達譜異常

中國科學家揭示肝癌發生機制,為個性化診治及預後提供新策略

10月3日，國際頂級學術期刊Cell在線發表了中國科學院上海藥物研究所周虎課題組與復旦大學附屬中山醫院樊嘉院士課題組和中國科學院生物化學與細胞生物學研究所高大明課題組合作的最新成果「Integrated Proteogenomic Characterization of HBV-related Hepatocellular Carcinoma」。

這幾種常見基因不正常,會影響到白血病治療與預後

，產生新的融合基因，編碼融合蛋白。有些基因是調控細胞增殖、分化和凋亡的轉錄因子，當基因發生變異，直接影響了下遊信號傳遞途徑，導致細胞增殖能力增強、凋亡障礙，分化障礙等，產生白血病表型。這幾種常見基因不正常，會影響到白血病治療與預後第一種，BCR-ABL融合基因，可出現在95%以上的慢性粒細胞白血病。

【學術成果】NGS血液腫瘤臨床轉化醫學應用:完善老年AML患者預後評價模型

研究結果：26例老年CN-AML樣本中突變頻率最高的6個基因包括NPM1 (42%)，IDH2 (38%)，FLT3 (31%)，DNMT3A (23%)，IDH1 (23%)， CEBPA (19%)。

生命學院楊雪瑞課題組通過多組學大數據分析全面闡述DNA甲基化組...

生命學院楊雪瑞課題組通過多組學大數據分析全面闡述DNA甲基化組參與的腫瘤基因表達調控網絡清華新聞網3月27日電 3月19日，清華大學生命科學學院楊雪瑞課題組在《細胞報導》（Cell Reports）發表大隊列腫瘤多組學數據的深度整合分析工作：癌症特異性轉錄調控網絡對啟動子DNA甲基化組的依賴（Dependency

TCGA數據+lncRNA+耐藥方向(2區SCI發文思路)

有人想看：通過TCGA數據挖掘找到一個lncRNA，然後用於後續實驗研究的發文思路。現在這樣的發文思路已經來了，文章發表在Frontiers in Pharmacology上，影響因子：4.225，中科院分區：2區，參考文章來源：PMID: 33362537，DOI: 10.3389/fphar.2020.560543。

蛋白基因組學再登Cell:首次全面揭示小兒腦癌發生機制和治療靶標

景傑學術| 報導小兒腦癌（Pediatric Brain Cancer）是全球範圍內兒童癌症相關死亡的主要原因，一些小兒腦癌類型的預後很差

「乳腺癌」P53基因突變導致亞裔乳腺癌患者預後不佳

【3】不同種族的乳腺癌基因突變差異大嗎？三陰性乳腺癌在非裔美國女性中更為常見，最近對194個腫瘤的基因組分析顯示，HR缺乏症的特徵增加，P53突變及結構變化更大，表明生物學更具侵略性。亞洲人的乳腺癌往往發生在年輕年齡段，絕經前，雌激素受體（ER）陰性和人表皮生長因子受體2（HER2）受體陽性的比例更高。

腫瘤相關巨噬細胞的預後意義:過去、現在和未來

3 評估腫瘤組織中的巨噬細胞特徵以進行病人分層　　以免疫學變量作為病人預後轉歸的標誌物的研究，主要探討該變量能否在特定的臨床應用場景中定量評估與之相關的免疫系統成分。　　比如Immunoscore的評分體系的問世，該評分系統可以將直腸結腸癌病人T細胞密度、類型、定位等信息定量地結合在一起，並進行進一步的預後評估。

單個預後模型太單薄？lncRNA+mRNA，真香

預後分析總能玩出新花樣，不久之前生信人公眾號推過診斷模型+預後模型的文章，預後風險評分中包含預後相關lncRNA和mRNA的也不少，今天這篇文章通過與疾病相關基因突變分組篩選差異的lncRNA和mRNA，構建共表達網絡，然後分別構建了mRNA風險評分+lncRNA風險評分，踐行了好事成雙的大道理。

前沿 | 材料基因工程在船舶領域的應用思路

材料基因組方法研究思路圖1 材料基因組研究思路材料基因組學的核心是建立材料配方、加工工藝與產品性質的定量聯繫，該定量關係確定便可在材料設計初期進行產品性能指標預測。3預測模型建立合適的機器學習算法也是影響模型可靠性和準確性的關鍵一步。每種算法都有自己的優勢和缺陷，需要依據待解決問題的不同而選擇不同特徵功能的算法。

《基因特工》屬性選擇思路介紹

《基因特工》中的屬性選擇是相當重要的一個環節，選擇適當的屬性能夠對遊戲體驗產生巨大的提升。「Godstick」分享了自己的屬性選擇思路，感興趣的小夥伴就來看看吧。《基因特工》屬性選擇思路介紹：傷害：暴擊是第一生產力。

3.21個基因的免疫相關預後特徵根據風險打分作者將患者分為高風險組和低風險組。K-M生存曲線表明高風險組患者的OS較差（圖1a）。其1年、3年和5年的AUC分別為0.66、0.66和0.7（圖2b），表明這21個基因的預後特徵在合併數據集中有較好性能。21個基因的預後特徵和訓練集總生存期之間的相關性4.21個基因預後特徵的驗證為驗證這21個基因預後特徵的穩健性，作者計算了TCGA-LUAD和GSE72094數據集的風險打分。根據優化閾值作者將患者分為高風險組和低風險組。

乳腺癌預後有了新生物標記

乳腺癌預後有了新生物標記 2014-09-22 科技日報馮衛東【字體：大中小】發表在最新一期《分子與細胞生物學》上的研究報告指出，p66ShcA蛋白有望作為生物標誌，用以識別預後較差的乳腺癌。　　預後良好的患者可倖免進行帶有嚴重副作用的侵入性治療，但不對侵入性腫瘤進行侵入治療或可導致死亡。癌症之所以致命，在很大程度上是由於其發生了轉移，從一個器官或組織轉移到另一個器官或組織。癌症致死絕大多數與轉移有關。

表觀遺傳學的改變可對 AML 患者預後產生影響

然而，表觀遺傳學的改變（包括：DNA甲基化，基因表達失調）可能會對患者的預後產生影響。為此，來自俄亥俄州立大學的研究人員評估了整合DNA甲基化和基因相關信息對AML患者臨床預後是否有關係。該研究發表於2013年12月30日在線出版的《臨床腫瘤學雜誌》(Journal of Clinical Oncology)上。