腸道微生物常用代謝資料庫簡介

2021-02-20 微生命

腸道微生物產生的代謝產物直接與宿主發生相互作用，調控宿主體內的穩態，影響宿主的各種健康問題，例如糖尿病、心臟病，甚至上升到神經系統中，與抑鬱密切相關。然而，建立微生物的代謝與宿主的健康之間的關係以及在分子水平上的聯繫有3大核心挑戰。第一，解析這些代謝產物有哪些生物學活動，包括他們和人類疾病的聯繫；第二，弄清楚產生這些代謝產物的代謝途徑，並在基因水平上預測與代謝物的產出；第三，利用解析出來的結果進一步結合基因工程和合成生物學去重編程這些由腸道微生物生產出的代謝物。為此，我們匯總了目前腸道微生物代謝10大常用資料庫，為腸道微生物代謝與宿主相互作用研究提供強有力的工具。

1. antiSMASH資料庫:

https://antismash.secondarymetabolites.org

2.KEGG代謝通路資料庫

https://www.genome.jp/kegg/pathway.html

3.MetaCyc資料庫

https://metacyc.org/

4.微生物生化與體外代謝資料庫（WoM）

http://www.webofmicrobes.org/

5.JGI資料庫

https://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/abc-public/main.cgi

6.MicroScope資料庫

http://www.genoscope.cns.fr/agc/microscope/home/index.php

7.人類虛擬代謝資料庫（VMH）

https://www.vmh.life

8.Reactome資料庫

https://reactome.org/

9.Reactome資料庫

http://www.genmapp.org/

10.Metabolomics Workbench 代謝資料庫

https://www.metabolomicsworkbench.org/

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