影響羊肚菌出菇的關鍵核心是溫度，目前已能解決升溫出菇，暖棚、覆膜，
但尚不能解決降溫出菇的問題，解決常年供應的辦法是：早播早出（如雲南海拔1700米左右地區，在十月底播種，十二月底或1月初出菇，二月底出菇結束），高寒地區種植，早播晚出、晚播晚出，選育耐溫的優異資源進行馴化。
早播早出的優點是鮮品能趕在新年或聖誕節前後出菇，市場較好，早播早出的缺點則是上季農作物收成可能會受到影響、十月份受秋老虎的影響菌絲生長可能正常、突然的冬季寒流降溫會影響出菇。
高寒且低溫回升較慢地區的優點是在中國黑色羊肚菌類群主要分布在高寒地區，在這些區域種植本身就有較好的適應性；海拔底的地區溫度回升較快，即使幼菇出的比較好，也常出現幼菇死菇和成菇畸形菇。
與農科所合作種植的羊肚菌出菇高寒且低溫回升較慢地區的缺點則是生態脆弱、土層較薄、雪災。
內蒙學院的大棚出菇目前栽培的羊肚菌品種均屬於中低溫品種。
養菌溫度10-20℃，催菇溫度6-10℃，原基發生溫度8-12℃，菇蕾生長溫度15-20℃。
溫度管理。早春在幾周之內有4℃~16℃的溫度，能刺激羊肚菌子實體形成。
如果這時溫度變化劇烈，低於4℃或高出18℃，將影響子實體發育。當最低氣溫穩定在3℃以上時，開始催菇管理。
催菇時，澆一次透水，可溝內澆大水浸潤至畦面，但畦面不能有積水，然後控制溫度在5℃~20℃之間，以5℃~15℃最為適宜。溫度25℃時，不能超過兩個小時。
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