對於這個問題，我們一定要先區分開近代科學和古代科學，其次，則是要弄明白哲學的旨趣。
近代科學和古代科學
首先，古代科學包含於古代哲學之中。哲學外延大，科學外延小。到了近代科學，則哲學的生存空間被壓縮，科學取代了哲學來研究真理。
在中國先秦，譬如孔子及其學生的《易傳》（另外有《家語》、《禮記》、《說苑》、《韓詩外傳》、《論語》和郭店簡的部分關於孔子的記載可以看出孔子的宇宙論和形上思想，他本人還主要教學生數學知識），《墨子》，《孟子》，《莊子》、《老子》、《公孫龍子》、《荀子》、《韓非子》都有他們對於世界的認識；在古希臘，早期自然哲學家都有自己的宇宙觀，涉及物理學和數學，後來的柏拉圖和亞里斯多德在此基礎之上又發現了邏輯學、形上學、生物學等不同門類的知識。
近代科學雖然也能在古代科學之中找到閃光點，比如自然科學在中國的巔峰，即宋明理學時期。在歐洲中世紀時，即實驗科學萌芽的羅吉爾·培根那裡（不是佛朗西斯·培根），似乎都可以找到近代科學的種子。這兩個時期相比於古代，都更接近於近代自然科學。但是，近代科學有自己整體的學術框架，這個框架是隨著近代技術的變革而興盛起來的，在這技術突飛猛進並推動科學迅速發展的近代世界，清王朝卻只將西方科學知識壟斷在貴族手中，而禁止民間和官方學習，以致於最終和世界差距越來越大。
可以說，科學是藉助先進的科學工具來觀察世界的，其中，裡程碑式的工具是放大鏡和望遠鏡，一個可以看到最小，一個可以看到最大，這就取代了古代自然哲學中的思辨方法——如古代的原子論其實是出於思辨而非觀測。也取代了古代形而上哲學的哲學思辨。
哲學的轉向
哲學史一共有三次轉向，第一次是亞里斯多德的本體論轉向，或者說存在論轉向，第二次是近代笛卡爾等人的認識論轉向，第三次是當代哲學的語言哲學轉向。
西方的古代科學在長達兩千年的時間裡都被亞里斯多德的思辨哲學所籠罩，在近代科學出現後，許多西方人都極為排斥科學，而奉亞里斯多德的觀點為圭臬。事實上，亞里斯多德的著作也曾是禁書，而衝破神學牢籠的一些經院哲學家們，通過對亞里斯多德作品的不懈堅持才最終戰勝了神學，並將其與基督教神學結合在一起。但是，近代科學產生後，經院哲學家們一直相信亞里斯多德所言，人類是用心臟思考，而非大腦思考，拉美特利曾這樣說過——即使我將解剖成果放在經院哲學家的面前，他卻還是堅信亞里斯多德的教誨。
認識論轉向，其實就跟近代科學的產生息息相關。因為，許多人都反對神學（哲學和神學從激烈衝突到逐漸融合），也反對古代哲學的獨斷論，即獨斷出形上學這個最高對象。笛卡爾起先是為了反駁那些不相信上帝存在的人，另外一個目的，則是為神學和哲學找到堅實的基礎，但結果上，卻加速了神學和哲學的衰敗。
語言哲學發生在哲學已經被幾何學、數學、物理學、心理學、社會學、倫理學等不同學科架空的時代，它幫助哲學重新穩固了自身的陣腳，並告訴哲學家們自己的定位究竟在何處。但是，對於語詞和悖論的分析，使得語言哲學整體上呈現出對哲學自身的批評，與存在主義哲學家如海德格爾，分析哲學家後期維根斯坦，甚至包括德希達，都一直在強調哲學以及死亡。這有點像福山對美國民主制度的論調，結果是，哲學到現在依舊沒有如預言般滅亡，而預言者都一一離去了。