中國知識分子的命運一直與社會變遷、政治運動有千絲萬縷的聯繫，這一群體在建國初期的遭遇尤為引人關注。這一問題與今日社會牽涉太多，再加上眾多寫作者的學養和態度千差萬別，導致有關歷史敘述語焉不詳，從而限制了我們對歷史的認知。
楊奎松教授也意識到了這種現象，所以他在由「革命史」轉向「建國史」研究之初，首先關注的是1949年後知識分子的思想改造問題。楊奎松發現，在那段時期，同為知識分子，每個人的思想轉變原因、過程、結果大不一樣。
他的新書《忍不住的「關懷」：1949年前後的書生與政治》選取張東蓀、王芸生、潘光旦這三位主流知識分子為研究對象，梳理大量檔案、日記、報刊、回憶錄等，以客觀態度還原了三人改造思想的曲折經過，認為在政治大環境中，他們的人生經歷、理論素養、政治信念和個人性格都對各自的人生命運有很大影響。
張東蓀是民盟領導之一，在內戰期間力求消弭國共矛盾，建立聯合政府。他畢生都頗為自得的一件事，是參與北平和平解放的斡旋。但楊奎松仔細考索當時的中共電報，發現毛澤東更多的是從統戰角度出發，在大局已定的情況下，將張東蓀當作此次和平談判的見證人。毛澤東在建國後說「北平和平解放，張先生第一功」，進一步激發了張東蓀的「國士情懷」，也讓他對自己的政治見識有了過高估計。在韓戰前夕中美關係緊張的情況下，他對國內外形勢有所誤判，亟亟與美國保持聯繫。在愛國心驅使下的種種行動，卻變成了「通敵叛國」的罪證，導致他在思想改造中屢屢受挫。我們今天來分析張東蓀在建國後的命運，顯然無法忽視其個人性格和能力等方面的因素。
王芸生的命運與《大公報》息息相關。《大公報》是民國時期最有影響的私營報紙，在1948年國內局勢漸趨明朗的時候，原本偏向國民黨的主編王芸生，為了保住《大公報》，北上參加政治協商會議。1949年，原本要依照馬克思主義觀點關閉《大公報》的中共領導人，在看到王芸生登報發表的「投降」/「投效」之後，決定保留《大公報》作為改造的試點。王芸生做出種種努力試圖融入新政權的新聞事業中，但《大公報》註定無法適應建國以來的新聞業管理新模式（即統一管理、宣傳為主、依照行業劃分）。他的痛苦，主要在於個人命運和《大公報》命運背道而馳。
潘光旦早年留學美國，回國後受胡適等人影響，開始對政治有所議論。楊奎松從潘光旦的文章和大量批判材料中發現，潘光旦在沒有多大壓力的情況下，努力適應新政權的話語體系和思維方式。在多次思想改造中，潘光旦設身處地、推己及人，感受到自己過去知識的「落伍」與「無用」，事事都努力從好的方面去設想、去理解。潘光旦後來成為重點鬥爭對象，其實並非有預謀的結果，而與一些偶然因素和潘光旦對批鬥的應對方式有關。他後來為土家族呼籲，也因為觸碰了中央和地方關係，對個人命運有很大影響。
1949年後知識分子的命運是很多個體的遭遇共同組成的，只有儘量從當時的環境去理解，才能接近歷史真相，在此基礎上去談論知識分子的生存狀態，也更有意義。楊奎松教授通過三個個案研究給我們的啟發和提示，正在於此。