腫瘤突變的類型豐富多樣，包括點突變，雜合性缺失，缺失突變，倒位等等。如下圖所示：
小師妹最近在學習腫瘤克隆進化的過程中，發現人類的點突變的分類與農學裡的差異較大，為了釐清這裡邊的關係，小師妹覺得非常有必要做一個系統的梳理。
農學中的點突變，之前在Nature Genetics|從GWAS結果裡挖掘候選基因方法微文中有描述，在GWAS定位的LD block中，將所有的SNP分為5類，再一次摘抄下來如下：
I：引起胺基酸編碼變化和可變剪切位點（位於內含子start或者end處的GT或者AG）的顯著關聯SNP；
II：位於基因5』端的顯著關聯SNP（比如起始密碼子ATG上遊2Kb內的SNP）；
III：不滿足以上I和II標準的顯著關聯SNP（比如位於編碼區，但是並未引起胺基酸變化的內含子區或者3』端非編碼區）；
IV：編碼區（coding regions）外的顯著關聯SNP；
V：不顯著關聯的SNP。
這裡邊最常見的分類就是基因區同義突變和非同義突變，然後就是promoter區的SNP突變。另外，農學中取樣的植物組織往往是葉片，也不存在體細胞這一說。醫學相關研究中對突變的分類更加細緻，什麼是體細胞突變（somatic mutation）？|腫瘤全外一文也闡述了體細胞突變（somatic mutation）和胚系突變（germline mutation）的概念。在腫瘤全外中，一般使用安捷倫V6捕獲探針，該探針雖然也有一部分的內含子和基因間區的探針，但是真正在分析的時候，重點還是關注基因外顯子上的突變。根據突變的DNA序列長度，突變可分為點突變（point mutation）和片段突變（fragment mutation）。當然還有其他的分類方式，比如根據突變類型可將突變分為四類：替換（substitutions）、缺失（deletion）、插入（insertions）、倒位（inversion）。本期微信我們重點看點突變。點突變在農學研究中常被稱為SNP（single nucleotide polymorphisms），即重點關注不同材料之間的鹼基多態性。而在腫瘤全外研究中，點突變被稱為SNV（single-nucleotide variants），即單鹼基變異，重點在變異。
根據點突變對基因轉錄和蛋白質翻譯產生的影響定性，可以把點突變分為同義突變（synonymous mutation）和非同義突變（non-synonymous mutation）二種。
同義突變，鹼基替換不引起胺基酸改變，則稱為又稱為中性突變（neutral mutation）或沉默突變（silent mutation）。同義突變的原因是點突變發生在密碼子的第三個核苷酸，由於遺傳密碼的簡併性，這個突變後的密碼子恰恰同突變前的密碼子編碼同一胺基酸，這樣，突變不會改變蛋白質中的胺基酸序列。
引起編碼胺基酸改變的點突變又稱為非同義突變/替換。非同義突變，又進一步分為錯義突變（missense mutation）和無義突變（nonsense mutation）。錯義突變是指受到影響的密碼子變成另一種新密碼子，編碼一個新的胺基酸，使胺基酸序列發生變化。錯義突變大多發生在密碼子的第一位或第二位核苷酸。無義突變是指一個編碼胺基酸的密碼子，在點突變後變成了一個終止密碼子，使多肽合成提前中止，產生了缺失原有羧基端片段的縮短的肽鏈。在多數情況下，這種被截短的蛋白質片段是沒有活性的。
另外，對於非同義突變後產生的影響（是否為有害突變），有不同的軟體方法進行相關的評估。比如PolyPhen2，SIFT，MutationTaster以及PMut均可實現。
在腫瘤全外相關研究中，還有另外一種突變，即拷貝數突變/替換（somatic copy number alterations，SCNA），這類突變的定義和鑑定，小師妹下次為您揭曉。